문재인 대통령은 2020년 1월 신년 기자회견에서 조국 전 법무부 장관에 대해 "유무죄 결과와 무관하게 조 전 장관이 지금까지 겪었던 고초만으로도 크게 마음의 빚을 졌다"고 말해 논란을 일으켰다. 문 대통령은 25일 대법원 판결로 유죄가 확정된 지금도 같은 심정이라는 점을 시사했다.
문 대통령은 이날 JTBC에서 방송된 손석희 전 앵커와 대담에서 '조국 사태 당시 마음의 빚이 있다고 말해서 논란이 됐다. 지금도 변함이 없나'라는 질문에 "그 사람의 가족들의 겪었던 고통이나 이런 부분들은 참 마음이 아프다"라고 했다.
이어 "그분들(조 전 장관 가족)이 잘못한 게 있어서 잘못에 대한 벌을 받는 것이 맞는다 하더라도, 결국은 우리 정부에서 (조 전 장관이) 민정수석이 되고 법무부 장관으로 발탁되고 하는 바람에 그런 상황에 이르게 된 것"이라며 "안타까운 마음이 없을 수는 없다"고 했다.
문 대통령은 윤 당선인이 검찰총장으로 취임한 직후 조 전 장관 일가(一家)에 대해 수사를 벌인 것에 대해서는 "검찰로서는 범죄의 단서가 있으면 수사를 할 수 있다"며 "그러나 시점이나 수사 방식을 보면 너무나 공교로운 부분이 많아서, 어떤 목적이나 의도가 포함됐다고 볼 수도 있고, 단정하지 않겠다"고 말했다.