특별자산 펀드를 선택할 때는 세금도 따져볼 필요가 있다. 일반 주식형 펀드와 달리, 투자 대상에 따라 수익에 대한 과세 범위와 세율이 천차만별이기 때문이다.
올해 특별자산 펀드 중 가장 많은 자금이 몰린 미국MLP(셰일에너지 인프라 관련 마스터합작회사) 펀드는 현재 설정돼 있는 공모형 펀드 모두가 자금을 끌어모으고 있다. 그러나 수익에 대한 과세 방식은 조금씩 다르다. 지난 3월 설정 후 1500억원 이상의 자금이 몰린 한국투자미국MLP특별자산자투자신탁(오일가스인프라-파생형)은 MLP를 직접 보유하지 않고 별도 계약으로 배당과 매매 수익을 그대로 얻기 때문에 수익금의 15.4%만 국내에 세금으로 내면 된다. 그러나 올 초 설정 후 570억원가량 들어온 한화에너지인프라MLP특별자산자투자회사(인프라-재간접형)은 미국 주식시장에 상장된 MLP에 직접 투자하기 때문에 자본소득을 제외한 배당소득의 최대 21%를 미국에, 이 금액을 뺀 나머지 수익의 15.4%는 국내에 세금으로 낸다. 세금우대가 가능한 특별자산 펀드도 있다. 유전 펀드는 올해까지 펀드 액면가가 3억원 이하이면 5.5%, 3억원을 넘어서면 15.4%의 세율로 분리과세가 적용된다. 선박 펀드는 2015년까지 펀드 액면가가 5000만원 이하인 경우는 세율 9.9%, 5000만~2억원 사이는 15.4%가 적용되지만 2억원이 넘어서면 분리과세 혜택을 받을 수 없다.