코넥스시장과 다른 시장(유가증권시장, 코스닥시장)의 차이점은 크게 세 가지다.
일단 매매 방식이 다른 상장사들과 조금 다르다. 기본 예탁금이 3억원이 있어야 주문이 접수되고, 또 100주 단위로만 거래할 수 있다.

일부 증권사 홈트레이딩시스템(HTS)에서는 코넥스 기업이 현재가 창에서 검색되지 않는다. 이 HTS에서는 '코넥스 주문'이라는 별도의 창을 열어야만 주식을 매매할 수 있다. 또 매매 방식이 30분 단위의 단일가 경쟁 매매 방식이다. 30분마다 거래가 이뤄진다는 뜻이다. 코스닥시장의 관리 종목처럼 거래되는 셈이다.

상장 첫날 주가 변동 폭도 다른 시장에 비해 넓다. 다른 시장에서는 상장 첫날 시초가가 공모가의 2배까지 상승할 수 있지만, 코넥스 기업은 4배까지 가능하다. 반면 하락 폭은 막아놨다. 코넥스 기업 시초가는 최대주주나 벤처캐피털이 아무리 주식을 많이 팔더라도 기준가의 90%까지만 떨어질 수 있다.

또 다른 특징은 코넥스시장에 지수가 없다는 점이다. 현재는 코스닥시장의 하부 시장으로 있기 때문. 하지만 코넥스시장이 자리를 잡고 중소기업 벤처시장으로서 대표성이 있다고 판단될 경우 지수를 공식 발표할 것이란 게 한국거래소의 얘기다.

이외에도 중소 유망 벤처기업들의 상장을 독려하기 위해 기업들에 갖가지 편의를 제공하고 있다. 일단 코넥스 기업은 감사 선임 의무가 면제되고 원할 때까지 국제회계기준(K-IFRS)을 적용하지 않아도 된다. 증권신고서 제출 의무도 완화됐다. 50인 미만을 대상으로 청약할 경우에는 증권신고서를 내지 않아도 된다. 의무 공시 사항도 상장 폐지, 경영권 변경, 횡령, 감사 보고서 등 29개 항목밖에 되지 않는다(코스닥시장 의무 공시 사항은 64개). 공급 계약이나 시설 투자, 분반기보고서는 면제된다. 최대주주와 벤처캐피털의 보호예수제도도 없다.

공시 의무가 줄어든 대신 지정 자문인(증권사)이 연 2회 이상 기업 설명회를 열고, 기업 현황 보고서를 제출하기로 했다. 만약 코넥스 기업에서 부도덕한 사건이 터질 경우 지정 자문인이 어느 정도 책임을 지는 구조다.