2006년 유가증권시장의 코스피지수는 1434.46으로 폐장했다. 지난 5월 11일 1464.07로 사상 최고치를 기록했던 코스피지수는 연초에 비해 3.99% 상승 마감했지만 세계증시 상승률과 비교할 때 초라한 수준이다. 코스닥지수는 13.63% 하락한 606.15로 장을 마치며 세계증시 가운데 최하위권에 그쳤다.
유가증권시장에서는 써니전자가 378.47%로 최고 상승률을 기록했다. 써니전자는 특별한 이슈는 없었지만 3분기까지 누적 영업이익이 712% 증가하며 12월 들어 급등세를 보였다. 이어 SK네트웍스가 145.16%, LG생활건강이 124.55% 상승했으며, 한국기업지배구조펀드의 첫 번째 타깃이 됐던 대한화섬도 연초에 비해 116.96% 상승하는 등 유가증권시장에서 9개 종목이 한 해 동안 2배가 넘는 주가 상승을 보였다.
이에 반해 제이유그룹의 주수도 회장이 이사로 등재됐던 세신은 올 들어 89.87% 하락하며 하락률 1위라는 불명예를 안았으며, 실적부진 등으로 부도위기에 처했던 팬택과 팬택앤큐리텔도 각각 84.24%와 72.31% 하락률로 부진했다. 삼성전자는 올해 6.98% 하락했지만 시가총액 1위 자리를 굳건히 지켰으며, 작년 말 4위였던 한국전력이 2위로 올라섰고, 포스코도 52.97% 상승으로 5위에서 3위로 두 단계 뛰어올랐다.
반면 시가총액 3위였던 현대차는 실적부진으로 주가가 30% 넘게 하락하며 8위로 내려앉았다. 업종별로는 중형주가 5.65%, 대형주가 4.27% 상승하며 코스피지수 상승률을 앞섰으며 2005년 급등세를 보였던 소형주는 1.69% 하락하며 부진했다.
의료정밀 업종이 60.04% 상승하며 21개 업종 가운데 가장 높은 상승률을 기록한 반면 전기전자업종은 지난해 이어 올해도 부진하며 12.95% 하락했다.
외국인은 작년에 이어 올해도 공격적인 매도세를 보이며 10조원이 넘는 주식을 순매도했다. 개인들도 3조원 가량을 순매도해 매도강도는 줄어들었지만 3년째 매도세를 이어갔다. 반면 기관투자가들은 작년 7조6737억원에 이어 올해도 10조5420억원을 순매수했다.
코스닥시장에서는 자원개발 관련주가 최고의 상승률을 보였다. 원유·천연가스 등 자원탐사·개발을 사업목적에 추가했던 헬리아텍이 10배 가까운 주가 상승률로 최고의 한 해를 보냈다. 반면 벅스인터와 엠피오·닛시 등은 80% 넘게 주가가 빠졌다.