DNA 지문 검사는

황 - "체세포와 일치" 미즈메디서 보고
노 - 같은 줄기세포 둘로 나눠 검사

배아줄기세포의 존재를 입증하는 과정인 DNA 지문분석(핑거프린팅)에 대해서도 양쪽의 진술이 엇갈린다.

황우석 교수는 "2번과 3번 줄기세포의 DNA 핑거프린팅은 별도로 맡겼는데 2번이 체세포와 일치한다는 전화연락을 미즈메디 연구원으로부터 받았고 얼마간 시간이 지나 3번도 제대로 나왔다는 연락을 받았으며 나머지도 잘 나왔다고 보고 받았다"며 "(줄기세포 배양실험을 한)우리 6명 어느 누구도 단 1%도 의심하지 않는다"고 말했다. 자신이 직접 환자 체세포와 복제된 줄기세포의 DNA지문 대조작업을 하지는 않았지만 줄기세포의 배양과정을 연구원들이 함께 목격했으므로 조작은 있을 수 없다는 뜻이다.

그러나 노성일 이사장은 "김선종 연구원에게 '네가 (체세포 없이 줄기세포만) 둘로 나눴느냐 아니면 이미 둘로 나눠진 세포를 받았느냐'고 물었더니 '이미 둘로 나눠진 2, 3번 줄기세포를 황 교수팀 연구원으로부터 받아 핑거프린팅 작업을 했다'고 대답했다"고 주장했다. 같은 줄기세포를 둘로 나눠 검사했으니 같을 수 밖에 없다는 것이다.