환경·교육 분야 공공기관도 구조 조정 수술대에 오른다. 유사 기관을 통폐합하고, 비(非)핵심 업무는 민간으로 넘긴다.
우선 여러 기관에 흩어져 있는 생태·생물 관련 기능이 한곳으로 모인다. 국립생태원, 낙동강생물자원관, 멸종위기종복원센터(2017년 개관), 호남권생물자원관(2018년 개관) 등 생물·생태 공공기관 4곳을 통합한 '생물다양성관리원'이 내년에 출범한다. 국립생물자원관의 생물자원 실용화, 국립환경과학원의 습지생태 연구 분야도 생물다양성관리원으로 넘긴다.
환경공단과 환경산업기술원(이하 기술원)의 유사·중복 업무도 교통정리된다. 환경보전·화학물질 관리는 환경공단이, 안전관리·피해 구제는 기술원이 맡는다. 이를 위해 환경공단이 담당하던 석면 피해 구제, 환경산업실태조사 등 업무가 기술원으로, 기술원이 맡았던 토양 환경평가, 화학물질 등록 지원 업무가 환경공단으로 넘어간다. 환경공단·상하수도협회로 이원화됐던 상하수도 통계는 환경공단이 전담한다.
또 공공기관 업무 중 지자체나 민간에서 수행 가능하거나, 비핵심적인 일은 차츰 줄여나간다. 환경공단은 환경 시설 설치 지원 및 운영, 슬레이트 처리 업무에서 손을 뗀다. 국립공원관리공단은 올해 하반기부터 2017년까지 주차장 13곳과 휴게소 3곳을 민간에 추가 위탁한다. 단, 주차 요금 등이 오르지 않도록 '국립공원 수입 징수 규칙'으로 관리할 예정이다.
국가 고전 번역 사업도 체계를 재편해 효율성을 높인다. 한국학중앙연구원의 고전 번역 기능을 고전번역원으로 이관하고, 고전번역원이 국가 고전 번역 사업의 컨트롤타워 역할을 하게 된다. 현재는 두 기관이 조선왕조실록 용어 사전 편찬 등 고전 번역 업무 일부를 중복해서 맡고 있다.
사학진흥재단(교육부 산하)과 교육개발원(총리실 산하)이 각각 운영하는 '대학 재정 정보 분석 시스템'과 '고등교육 재정 지원 정보 분석 시스템'을 사학진흥재단으로 일원화한다. 사학연금공단 인력의 37%인 경영 지원 인력을 줄이고, 사학진흥재단의 교직원 연수 프로그램 중 민간 프로그램을 폐지할 예정이다.